个人简介
我是一名癌症数据科学家,研究方向处于深度学习与大规模分子生物学的交叉领域。本科以一等荣誉学位毕业于莫纳什大学(Monash University)计算机科学专业,并获专业第一名;随后在高盛(Goldman Sachs)从事电子交易系统开发数年,之后转入癌症研究领域,于悉尼大学(University of Sydney)与儿童医学研究所(CMRI)完成癌症数据科学博士学位。现为新南威尔士州癌症研究所青年学者(CINSW Early Career Fellow)兼 CMRI 高级数据科学家,并担任悉尼大学医学与健康学院兼任讲师(Adjunct Lecturer)。
我的研究聚焦面向癌症多组学的联邦学习、生成式模型与 Transformer 方法。作为发表于 Cancer Cell 的 949 株人类癌细胞系泛癌蛋白质组图谱研究的共同第一作者,我参与构建了该领域被广泛使用的代表性数据资源。我的第一作者工作包括:面向癌症亚型分类的隐私保护联邦深度学习框架(Cancer Discovery)——这是联邦深度学习在癌症蛋白质组学中的首次应用,覆盖约 7,500 个癌症蛋白质组;以及用于多组学数据合成增强的生成式 AI 方法 MOSA(Nature Communications)。我与英国 Wellcome Sanger Institute、葡萄牙里斯本大学(Universidade de Lisboa)等机构保持长期的国际合作。
2025 年,我获颁澳大利亚新南威尔士州癌症研究所青年学者基金(Cancer Institute NSW Early Career Fellowship),以独立首席研究员身份开展为期三年的研究计划,构建结合联邦学习的蛋白质组基础模型,服务多中心癌症研究。我始终致力于将先进的计算方法转化为可临床应用的工具,通过精准肿瘤学改善癌症的诊断与预后。
职业任职
- Feb 2023 — 至今
- 研发新型深度学习方法,将人类先验知识引入多组学数据整合
- 设计并构建面向多组学整合的多视图变分自编码器(VAE)模型
- 负责全外显子组与全基因组测序的端到端分析,涵盖胚系/体细胞突变、拷贝数变异与结构变异
- 负责蛋白质组数据的端到端分析,包括质控、肽段–蛋白质归并、预处理、差异表达、通路与生存分析
- 探索病理图像与蛋白质组数据的整合,以辅助肿瘤诊断
- June 2026 — 至今
- 医学与健康学院
- 由联合副讲师(Conjoint Associate Lecturer)晋升而来;上一任期 2023–2026
- June 2023 — June 2026
- 医学与健康学院
- Mar 2020 — Feb 2023
- 博士论文:基于机器学习的大规模泛癌蛋白基因组分析
- Sydney Cancer Partners 博士奖学金获得者
- Jan 2019 — Feb 2020
- 基于现有模型构建小鼠发育生物学单细胞 RNA-seq 分析流程
- 为活细胞成像数据构建深度学习模型
- Nov 2014 — Dec 2017
- 与业务方沟通需求,跟进项目范围与进度
- 为高盛电子交易(GSET)业务流程设计、开发、测试并部署系统方案
- 提供生产环境支持,维护测试环境的稳定运行
学历
癌症数据科学博士(PhD)
博士论文:基于机器学习的大规模泛癌蛋白基因组分析。Sydney Cancer Partners 博士奖学金获得者。
商业分析硕士(一等荣誉)
KPMG–MBS 数据挑战赛自然语言处理方向第一名;商业分析硕士奖学金;商业分析俱乐部联合主席。
计算机科学学士(一等荣誉)
计算机科学专业毕业总成绩第一名;Bellamy Award(2011 与 2012 学年优秀学生奖);International Merit Scholarship。
奖项与荣誉
- 2026 澳大利亚癌症生物信息学研讨会(Cancer Bioinformatics Australia Symposium)差旅奖学金
- 2025 新南威尔士州癌症研究所青年学者基金(Cancer Institute NSW Early Career Fellowship) —— 独立首席研究员$597,732(2026–2028)
- 2024 澳大利亚医学研究未来基金(MRFF) · 早中期研究员资助 —— 联合研究员(Associate Investigator,儿童高级别胶质瘤免疫治疗方向)$993,500(2024–2026)
- 2022 Sydney Cancer Partners 博士奖学金
- 2020 CMRI Peter Rowe 博士奖学金
- 2019 悉尼大学创新挑战赛(University of Sydney Innovation Challenge)一等奖($7,500;2020 年再次获得)
- 2019 ODIR-2019 国际计算机视觉挑战赛三等奖(约 $20,000)
- 2013 莫纳什大学计算机科学专业毕业总成绩第一名(Dux)
学术服务与社区
组织召集、同行评审、基金评审与行业参与。
ProCan 癌症数据科学期刊讨论会(Cancer Data Science Journal Club)
自 2023 年起发起并主持,每月一次。汇集 ProCan 项目中癌症数据科学、软件工程与肿瘤学等团队的 10–15 名研究人员,共同评议癌症数据科学、机器学习与多组学领域的最新工作。
国际期刊审稿
担任 Nature Communications、Genome Biology、Briefings in Bioinformatics 等高水平国际期刊的审稿人,自 2023 年起每年评审约 5 篇稿件。
国际科研基金评审
受邀担任香港创新科技署(Innovation and Technology Commission,2025)及荷兰研究理事会(Dutch Research Council,NWO,2025)基金申请的外部评审专家。
澳大利亚医学研究所协会(AAMRI)工作组
参与 AAMRI(Association of Australian Medical Research Institutes)相关工作组,将学术服务从机构与期刊层面延伸至全国医学研究领域。
技术技能
机器学习与人工智能
- 深度神经网络
- Transformer
- 变分自编码器(VAE)
- 生成式模型
- 联邦学习
- 多视图整合
生物信息学与多组学
- 蛋白质组学端到端分析(质控、肽段–蛋白质归并、预处理、差异表达、通路与生存分析)
- 全外显子组 / 全基因组测序分析
- 拷贝数变异(CNV)分析
- 结构变异(SV)分析
- 单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)
编程语言与环境
- Python
- R
- PyTorch
- SQL
- C++
- Linux
- Perl